Humanitárny transfer utečencov cez územie SR sa realizuje na základe trojstrannej dohody medzi vládou Slovenskej republiky, Úradom vysokého komisára OSN pre utečencov (UNHCR) a Medzinárodnou organizáciou pre migráciu (IOM).

Na tento účel bolo v azylovom zariadení Ministerstva vnútra SR v Humennom zriadené Núdzové tranzitné centrum (Emergency Transit Centre – ETC). Centrum má za úlohu poskytnúť dočasné útočisko utečencom, ktorých situácia v utečeneckom tábore bola dlhodobo neudržateľná a boli vybraní na presídlenie do tretej krajiny. Slovenská republika poskytuje utečencom dočasné útočisko na dobu najviac šesť mesiacov. Kapacita ETC je pevne stanovená, momentálne je to 250 osôb. Dohoda počíta s možnosťou dopĺňania osôb aj v prípade odchodu časti utečencov do krajiny presídlenia, podmienkou však je, aby celkový počet nepresiahol stanovenú kapacitu.

Na základe zmluvy majú v rámci humanitárneho transferu utečencov partneri nasledovné úlohy:

• Vláda SR zodpovedá za udelenie národných víz pred vstupom utečencov na územie SR a počas ich pobytu v azylovom zariadení v Humennom im poskytuje ubytovanie, stravovanie a základné hygienické potreby.
• UNHCR zabezpečuje vydanie cestovných dokladov pre utečencov a počas ich pobytu na Slovensku uhrádza výdavky na nevyhnutnú a neodkladnú zdravotnú starostlivosť a poskytuje utečencom sociálne služby.
• IOM zodpovedá za medzinárodnú prepravu utečencov z utečeneckého tábora do SR a zo SR do finálnej krajiny presídlenia. IOM ďalej poskytuje služby súvisiace s presídlením – kultúrnu orientáciu, zdravotné prehliadky na účely presídlenia, sériu očkovaní proti hepatitíde, osýpkam, záškrtu, čiernemu kašľu, tetanu a iným ochoreniam a výstupné zdravotné prehliadky pred odchodom do krajiny presídlenia.

Od roku 2009 IOM v spolupráci s partnermi prepravila do ETC na Slovensku spolu 1 026 utečencov z táborov v Afrike, Ázie a na Blízkom východe. Utečenci pochádzali z Afganistanu, Eritrey, Etiópie, Iraku, Somálska a Sudánu. IOM zároveň presídlila 1 034 utečencov z ETC v SR do krajín, ktoré im poskytli nový domov. Väčšinu z nich prijalo USA, ďalších Kanada, Nórsko a Švédsko.

Aktivity IOM v projekte sú financované Vládou Spojených štátov amerických prostredníctvom programu USRAP – United States Refugee Admission Program, alebo podobnými programami iných presídľovacích krajín. Aktivity IOM v poskytovaní očkovaní sú financované Ministerstvom zahraničných vecí USA (Department of State) a Ministerstvom zdravotníctva USA (Department of Health and Human Services).